Група американський вчених з’ясувала, що заміни в S-білку SARS-CoV-2 можуть підвищувати інфекційність, вірулентність і здатність вірусу ухилятися від антитіл. Про це повідомляє видання PCR News з присиланням на роботу вчених у Journal of Clinical Microbiology.
Вчені дослідили поширеність заміни L452R в рецептор-зв’язувальному домені спайкового білка, яка характерна для штамів «Дельта», «Каппа», «Епсилон» та «Йота». Автори роботи наголосили, що у червні 2021 року 65,9% зразків мали таку заміну, яка пов’язана з поширенням штаму «Дельта».
Повідомляється, що S-білок (спайковий білок) відіграє ключову роль у проникненні вірусу до клітини. Він є мішенню для вакцин і моноклональних антитіл.
Заміна гідрофобного залишку лейцину в положенні 452 на полярний залишок аргініну (L452R) в S1 останнім часом набула значного поширення. Дослідники за допомогою ПЛР та секвенування за методом Сенгера проаналізували ділянки 1-250 та 414-583 в 570 клінічних зразках з рота та горла.
Потім вони порівняли результати з послідовністю штаму Wuhan-Hu-1. Для визначення їх поширеності та клонального походження фахівці використовували інструменти візуалізації Nextstrain, а також загальнодоступну базу даних GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Також науковці провели філогенетичний аналіз.
Повідомляється, що вчені виявили заміну L452R в десятці незалежно ліній, які виникли та у варіантах, що викликають побоювання (VOC) і досліджуваних варіантах (VOI) «Дельта» (B.1.617.2), «Каппа» (B.1.617.1), «Епсилон» (B.1.427/B. 1.429) та «Йота» (B.1.526).
Слід зазначити, що масову появу варіантів з L452R раніше пов’язували з «каліфорнійським» штамом B.1.427/ B.1.429 або CAL.20C «Епсилон». Однак вчені ідентифікували окремий варіант з L452R, який також з’явився в Каліфорнії, CAL.20A. На відміну від CAL.20C, що несе дві додаткові заміни в N-кінцевому домені, CAL.20A має тільки L452R в S-білку. За даними філогенетичного аналізу, поява обох вірусних варіантів було специфічно ініційовано набуттям L452R, що свідчить про сильний позитивний відбір за такою заміною.
Повідомляється, що мутація L452R може бути первинною еволюційною подією, яка викликала появу штаму «Епсилон».
Зазначається, що дослідники проаналізували зростання числа штамів із заміною L452R у різні проміжки часу: якщо до листопада 2020 року було ідентифіковано лише 47 зразків з такою мутацією, то в листопаді-грудні 2020 року їхня кількість зросла до 2 594, в січні-лютому 2021 року – до 21 068, а в березні 2021 року – до 80 293.
Згідно з даними GISAID, в травні 2021 року мутації L452R були виявлені у 15,9% всіх зразків коронавірусу, а в червні 2021 роки вже 65,9%, що пов’язують з масовим поширенням «Дельта»-варіанту.
Раніше стало відомо, що у Сполучених Штатах експерти спрогнозували п’ять сценаріїв, коли захворюваність на штам «Дельта» досягне піку.
